帶電粒子在單位時間內移動的距離稱為電泳遷移率。溶液中帶電粒子在電場(E)中向著與它相異電荷的電極移動，它的移動速度(V)是電場(E)和粒子的有效遷移率(m)的乘積，即：V＝mE

　　離子的有效遷移率是一個由許多因素(包括離子半徑、溶劑化作用、介電常數(shù)、溶劑粘度、離子形狀和電荷、pH、解離度和溫度等)決定的物化系數(shù)。不同有效遷移率的粒子有不同的移動速度，因而可以彼此分離。

　　一般情況下電泳中蛋白質分子量對數(shù)與遷移率呈線性關系具體由凝膠的情況決定線性的范圍也是一定的。

　　DNA分子大小遷移速率V與logN成反比（N為堿基對數(shù)目）。分子越大，摩擦阻力越大，同時大分子通過凝膠孔徑的效率也低于較小的分子，所以分子大的遷移慢。等量的空間結構，緊密的電泳快（超螺旋>線性DNA）一般來說，分子帶的電荷量越大、直徑越小、形狀越接近球形，則其電泳遷移速度越快。

　　簡言之，濃度越大，分子孔徑就越小，DNA遷移速率就越低，反之，遷移速率就大。另外，濃度也跟凝膠的分辨率有關，濃度越大，分辨率越高，但分離的ＤＮＡ片段就越小。

　　一般遷移速率超螺旋環(huán)狀>線狀DNA>單鏈開環(huán)。

　　低電壓時，線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比。使分辨效果好，凝膠上所加電壓不應超過5-8V/cm

　　包括標準瓊脂糖和低熔點瓊脂糖以及正在研制的介于二者之間的瓊脂糖。其分辨率等各有不同。

　　研究結果表明：在低濃度、低電壓下，分離效果較好。在低電壓條件下，線性DNA分子的電泳遷移率與所用的電壓呈正比。但是，在電場強度增加時，較大的DNA片段遷移率的增加相對較小。因此隨著電壓的增高，電泳分辨率反而下降，為了獲得電泳分離DNA片段的最大分辨率，電場強度不宜高于15V/cm。一般在5-10v之間。電泳系統(tǒng)的溫度對于DNA在瓊脂糖凝膠中的電泳行為沒有顯著的影響。通常在室溫下進行電泳，只有當凝膠濃度低于0.5%時，為增加凝膠硬度，可在4℃，進行電泳。